在前往世界初始之树的路途中，路卡利欧使用波导为小智一行人带路。途中他们不幸遇到了一座温泉，路卡利欧想到了之前和亚朗一起泡温泉的经过；正好这时小智邀请它一起泡温泉，但是它却拒绝了，并表达出它认为“人类不可依靠”，“假如小智有难，说不定会抛弃皮卡丘”的想法，这引起了小智的愤怒，并引发了冲突。不过他们在旅途中渐渐地了解对方，路卡利欧也了解了小智和皮卡丘是真正的朋友。当他们抵达初始之树时，那里面许多的防御系统就开始阻挠他们，但路卡利欧努力地帮助大家击退敌人。在小智和皮卡丘重逢后，初始之树的系统工作更加剧烈，吞噬了小智一行人。梦幻看到这个情景感到非常难过，便使出全力来使小智一行人复原；但这个举动使得梦幻的体力大幅消耗，变得非常虚弱，初始之树也随即受到影响。当小智一行人来到初始之树的中心位置时，时间之花开启了，当时亚朗来到初始之树的中心后，便将波导转移到梦幻身上，牺牲自己的性命以换取王国的和平，路卡利欧终于了解了亚朗的用意是保护它，总有人痛哭流涕。
梦幻的状态越来越差，所以路卡利欧决定也牺牲自己，使用波导来拯救梦幻；但它的波导不够，无法使梦幻恢复健康，这时小智想起来他也能使用波导，便自告奋勇的来帮忙。他们两个的力量加起来终于有办法成功，但在小智快濒临消失之际，路卡利欧即刻将小智推开，独自承受使用波导的后果。在他们的努力下，梦幻恢复了，不过路卡利欧却感受到巨大的痛苦，在此时，时间之花（这个好东西总是无处不在）引起了反应，路卡利欧听到了亚朗在临死前所说的话。亚朗对路卡利欧感到抱歉，在没有告诉它事情真相之前就将它封印，这让路卡利欧解除了误会，最后向小智表示“我不会死的，我只是回到亚朗大人身边而已”，接著就随着淡淡的蓝光消失了，这些情况下一般都会让世界归于平静。
路卡利欧非常勇敢，曾不顾自身的危险对梦幻使用波导，它也是一只很忠诚的宝可梦，会尽可能地保护自己认可之人。小智的波导跟亚朗一样，所以路卡利欧也误认他为亚朗，小智戴上亚朗特殊的手套时也能利用跟亚朗同样的波导力量，巧合的是小智在大会中穿的衣服也跟亚朗一样，当然永远十岁的智爷看上去就是小了一号。
世界初始之树位于关都地区深灰市和月见山北方的山岭中，世界初始之树由如同树一般模样的岩层所组成，是一个依靠光线补给能量的水晶生命体。它与梦幻有着共生的关系，并且也被认为是多数化石宝可梦的起源之地。凡是侵入该地域的物种，其中的宝可梦以及守护着世界初始之树的传说的巨人都将对侵入者进行驱逐。明龖一行人这次就受到了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁的攻击，里面肯定也是少不了火箭队的份额；还有一个类似于“劳拉·克劳馥”的角色—琪朵·夏玛兹给了大家很多的帮助，但归根结底，就是因为她的原因，皮卡丘才会和梦幻去了世界初始之树，有了这一系列的故事。
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